四、矩阵式组织的缺点
1．存在组织上的双重领导，双重职能，双层汇报关系，双重的信息流、工作流和指令界面。这要求有熟练的严密的组织规范和措施，否则极易产生混乱和职能争执，甚至会出现对抗状态。矩阵结构运行中存在项目领导和部门领导的界面，双方容易产生争权、扯皮和推卸责任现象。所以必须严格区分两大类工作(项目的和部门的)的任务、责任和权力，划定界限。这样管理组织程序复杂，管理规范化和程序化要求高。
2．由于存在双重领导，所以信息处理量大，会议多，报告多。
3．必领具有足够数量的经过培训的强有力的项目领导。
4．由于许多项目同时进行，导致项目之间竞争专业部门的资源。而一个职能部门同时管理几个项目的相关工作，则他的资源的分配问题是关键。由于项目间的优先次序不易解决，所以带来协调上的困难。由于要争夺有限的资源(如资金、人力、设备)，职能经理与项目经理之间容易发生有矛盾，项目经理要花许多精力和时间周旋于各专业部门之间，以求搞好人事关系。由于存在部门和项目权力上的差别，造成项目经理或部门领导的越权，以及双方的矛盾，界面管理的难度和复杂性增加。